Cuatro pingüinos, Skipper (el líder del grupo), Kowalski (el científico), Cabo (el menor) y Rico (el loco), viven en la Ciudad de Nueva York en el Zoológico de Central Park. Los Pingüinos llevan la batuta en su hábitat en el Parque Central, la realización de misiones secretas en el corazón de la ciudad. Participan Julien, el rey de los lémures, y sus súbditos Maurice y Mort, sus nuevos vecinos, que constituyen la exhibición de lémures en el zoológico. Ahora los pingüinos deben mantener las cosas bajo control, a menudo a pesar de las payasadas de los lémures.